Das Museum Otto Schäfer zeigt seit September 2005 zwei neue Dauerpräsentationen: zum einen die Ausstellungen "Druck – Schrift – Bild" (s. u. Dauerausstellung) , zum anderen die Sammlung Antikes Glas von Dr. Hermann und Maria Morell (s. u. Sammlungen, Antikes Glas). Beide Präsentationen können nach Terminvereinbarung von Gruppen auch außerhalb der Öffnungszeiten und auch während der Winter- und Sommerpause besucht werden. Daneben bietet das Museum Otto Schäfer vielfältige Wechselausstellungen. Insgesamt hat das Museum Otto Schäfer von 1991 bis 2015 mehr als 80 Ausstellungen gezeigt. Aber bereits vor der Eröffnung des Museums hat Dr. Otto Schäfer seine Schätze in privaten Ausstellungen seinen bibliophilen Freunden präsentiert.